絕非僅靠工程規劃與設計，而必須經由完善的管理將專案付諸執行。
大型專案涵蓋的專業技術和其質、量，與合約的時程、財務、法律、風險等問題，一般均十分複雜。因此必須要有一個組織完善的團隊，才能確實勝任專案的推行。至於團隊裡不同專長的成員，則仰賴管理面有效率的合作以充分發揮其個別才能，達成工程專案的工期、成本和品質三個具體的成功指標。
吉興公司的工程專案管理，採行矩陣式組織。工程技術部門之外，另有獨立的「計畫部」，設有專職經理來協助部門內的多位專案計畫經理，督導工程專案管理的日常推行事務，以確保在專案進行的全程，均對客戶提供良好而有效的服務。
對客戶而言，其工程專案的專案計畫經理為吉興公司的代表。依據客戶的合約要求，妥善規劃、協調吉興公司內部的各類技術專業，適時依工程專案期程的需要，提供初步規劃、設備採購、客戶審查意見的反應、細部設計、發包作業、決標、施工計畫審查、施工管理至完工試車等服務。
吉興公司的專案計畫經理，幾乎均來自各技術部門的優秀同仁，並經過擔任計畫助理、計畫工程師的歷練，對工程專案有極深入的了解和多年的工程實務經驗。